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Physically grounded approach for estimating gene expression from microarray data

Mcmullen, Patrick D ; Morimoto, Richard I ; Amaral, Luís A Nunes

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 03 August 2010, Vol.107(31), pp.13690-5 [Rivista Peer Reviewed]

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Average rank-based score to measure deregulation of molecular pathway gene sets

Yang, Huan ; Cheng, Chao ; Zhang, Wei

PloS one, 2011, Vol.6(11), pp.e27579 [Rivista Peer Reviewed]

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Tracking difference in gene expression in a time-course experiment using gene set enrichment analysis

Wong, Pui Shan ; Tanaka, Michihiro ; Sunaga, Yoshihiko ; Tanaka, Masayoshi ; Taniguchi, Takeaki ; Yoshino, Tomoko ; Tanaka, Tsuyoshi ; Fujibuchi, Wataru ; Aburatani, Sachiyo

PloS one, 2014, Vol.9(9), pp.e107629 [Rivista Peer Reviewed]

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Identification of under-detected periodicity in time-series microarray data by using empirical mode decomposition

Chen, Chaang-Ray ; Shu, Wun-Yi ; Chang, Cheng-Wei ; Hsu, Ian C

PloS one, 2014, Vol.9(11), pp.e111719 [Rivista Peer Reviewed]

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Single-Patient Molecular Testing with NanoString nCounter Data Using a Reference-Based Strategy for Batch Effect Correction

Talhouk, Aline ; Kommoss, Stefan ; Mackenzie, Robertson ; Cheung, Martin ; Leung, Samuel ; Chiu, Derek S ; Kalloger, Steve E ; Huntsman, David G ; Chen, Stephanie ; Intermaggio, Maria ; Gronwald, Jacek ; Chan, Fong C ; Ramus, Susan J ; Steidl, Christian ; Scott, David W ; Anglesio, Michael S

PloS one, 2016, Vol.11(4), pp.e0153844 [Rivista Peer Reviewed]

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Evaluation of bias-variance trade-off for commonly used post-summarizing normalization procedures in large-scale gene expression studies

Qiu, Xing ; Hu, Rui ; Wu, Zhixin

PloS one, 2014, Vol.9(6), pp.e99380 [Rivista Peer Reviewed]

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Single-cell transcriptomics of the mouse kidney reveals potential cellular targets of kidney disease

Park, Jihwan ; Shrestha, Rojesh ; Qiu, Chengxiang ; Kondo, Ayano ; Huang, Shizheng ; Werth, Max ; Li, Mingyao ; Barasch, Jonathan ; Suszták, Katalin

Science (New York, N.Y.), 18 May 2018, Vol.360(6390), pp.758-763 [Rivista Peer Reviewed]

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Spatial reconstruction of immune niches by combining photoactivatable reporters and scRNA-seq

Medaglia, Chiara ; Giladi, Amir ; Stoler-Barak, Liat ; De Giovanni, Marco ; Salame, Tomer Meir ; Biram, Adi ; David, Eyal ; Li, Hanjie ; Iannacone, Matteo ; Shulman, Ziv ; Amit, Ido

Science (New York, N.Y.), 22 December 2017, Vol.358(6370), pp.1622-1626 [Rivista Peer Reviewed]

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Computational de novo discovery of distinguishing genes for biological processes and cell types in complex tissues

Newberg, Lee A ; Chen, Xiaowei ; Kodira, Chinnappa D ; Zavodszky, Maria I

PloS one, 2018, Vol.13(3), pp.e0193067 [Rivista Peer Reviewed]

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Gene expression profiling of soft and firm Atlantic salmon fillet

Larsson, Thomas ; Mørkøre, Turid ; Kolstad, Kari ; Østbye, Tone-Kari ; Afanasyev, Sergey ; Krasnov, Aleksei

PloS one, 2012, Vol.7(6), pp.e39219 [Rivista Peer Reviewed]

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